通关三岛剧情后,玩家需要前往七岛继续探索。七岛分布在关都地区南部海域,每个岛屿都有独特的任务和挑战。首要任务是前往五岛的记忆小屋获取宝石任务,随后在灯火山击败火箭队残党取得红宝石,这是修复通信机器的关键道具。完成宝石收集后,系统会解锁全国图鉴功能,这是捕捉更多种类宝可梦的前提条件。
在四岛可以遇到劲敌小茂,但不会触发战斗。此处可从老者处获得波克比蛋,需要满足首位宝可梦亲密度高且队伍有空位的要求。五岛的火箭队仓库需要输入特定密码才能进入,密码通过击败特定NPC获得。仓库内部藏有火箭队现任首领,击败后可解散火箭队残余势力并夺回被抢的蓝宝石。六岛的记号森林存在特殊地形机制,需要通过推石头解决谜题才能抵达底层。

七岛上方设有训练师之塔,这是检验队伍强度的绝佳场所。塔内NPC等级普遍在60级以上,建议携带至少三只70级主力宝可梦挑战。返回关都地区后,华蓝洞窟看守会消失,使用冲浪术可进入洞穴深处。这里栖息着70级的超梦,需要准备恶系或虫系技能应对其强大的超能力属性。洞穴地形复杂,建议提前储备足够的高级伤药和PP恢复道具。

完成七岛环游后,玩家可着手收集全部386种宝可梦。部分珍稀宝可梦如火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟分别位于灯火山顶、无人发电厂和双子岛。游戏厅可兑换技能机器,百货公司五楼提供各类进化石。当图鉴收集度超过200时,博士会赠送闪光护符,显著提升遭遇闪光宝可梦的概率。战斗边疆是检验战术体系的终极场所,包含七个不同规则的战斗设施。
游戏后期重点转向培养完美个体值的宝可梦。通过生蛋系统可遗传特定技能和个体值,红莲岛研究所提供个体值评定服务。对战塔能获取提升努力值的道具,如力量负重和速度粉末。通信进化是完成全图鉴的必要手段,部分宝可梦如耿鬼、胡地必须通过联机交换才能进化。游戏时间超过100小时后,枯叶港会出现特殊NPC赠送神秘礼物。

建议在挑战联盟前单独保存进度,便于重复获取不同性格的传说宝可梦。游戏内时钟系统会影响部分事件触发,如周五出现的特定商人。完成所有主线任务后,电视节目会播报隐藏道具的刷新位置,这是收集贵重物品的有效途径。定期检查电脑存储系统可避免重要道具遗失,特别是需要携带特定道具进化的宝可梦。